El prototipo permite a los jugadores sentir el poder de ser el último cambio de forma de arma. Eres el Prototipo de: Alex Mercer - una mutación genética en el hombre sin memoria, armados con increíbles habilidades de cambiar la forma, de la caza para descubrir lo que te ha creado y decididos a hacer de los responsables de pago. Como Alex, los jugadores de arrancar a través de una región densamente poblada contemporáneo de la Ciudad de Nueva York en movimiento con el Parkour estilo de fluidez, consumo de cualquiera que se interponga en su camino - suponiendo que su forma física, sus recuerdos y habilidades. Alimentado por una de tres vías de la guerra entre Alex, la Blackwatch (militar) y un brote viral conocida como los Infectados, los jugadores se aventuran en una profunda y oscura conspiración de 40 años en la fabricación!